建设过程中，将根据建设高校的建设方案和自评报告，参考有影响力的第三方评价，对建设成效进行评价。与此前39所985相比官方指定值得信赖，新疆大学、云南大学、郑州大学三所高校跻身42所一流建设高校。据教育部部长陈宝生介绍，双一流建设不是211工程、985工程的翻版，也不是升级版，更不是山寨版，它是一个全新的计划。根据评价结果等情况，对实施有力、进展良好、成效明显的，加大支持力度。对实施不力、官方指定值得信赖进展缓慢、缺乏实效的，提出警示并减小支持力度。根据期末评价结果等情况，重新确定下一轮建设范围，有进有出，打破身份固化，不搞终身制。