国家取消“以药补医”以后，原则上政府要增加对公立医院投入，以达到收支平衡，但是实际上大部分地区政府要求医院首先取消药品加成以获得政府补助，而医院的收入损失往往要自己承担。在这种机制之下，公立医院千亿体育国际在线登录就难以真正满足国家提出的公益性要求，无法在经营性与公益性上实现全面平衡。再次，公立医院的补偿机制不够合理，逐利性抬高医疗费用。我国对公立医院的长期投入表现出明显的不充分特征。自从2009年新一轮医改以来，国千亿体育国际在线登录家虽然在公立医院投入方面下了很大功夫，到2015年国家对公立医院财政直接投入在1800亿元左右，比2008年提高了2倍多。但是因为近年来人民对医疗的服务需求呈现爆发式增长，医疗费用也不断提高，因此实际上国家财政对公立医院的投入占公立医院收入的份额呈现出下降的趋势。