FAT32文件系统是在win98时代最常用的文件系统。而NTFS文件系统在winxp的时代开始流行，一直持续到现在。它们之间有什么区别呢？主要有四个方面的区别。
1、兼容性FAT32文件系统是在1997年的win95第二版系统中，首次被引入使用。对大磁盘的利用比FAT16更强很多。在win98时代被广泛使用，由于win98系统是当时最好的个人系统。也就造就了FAT32被几乎所有的操作系统接受，最低都可以兼容使用。所以，FAT32文件系统的兼容性是非常高的。低于32G的U盘如果格式化成这种格式，通用性极好。
电脑而NTFS文件系统是在winxp时代引入的新的网络文件系统。它的大容量支持进一步提高，同时也增加了加密、压缩等安全性。正因为这些，其他操作系统对它的兼容性就降低了很多。
2、容量支持FAT32因为是32位的文件系统，每个FAT32的文件表只能管理 2的32次方个扇区，每个扇区的最大容量为512B，所以，分区容量最大不能超过2TB。按照微软各系统的FAT32默认簇大小来看，在16KB簇时，单卷的最大容量为32GB。详细可见下图为微软官方网站数据。同时，文件长度也只有32位可以表示，所以单个文件也不能超过4GB。
NTFS是新型文件系统。很好地解决了当前容量限制的问题，分区最大容量可以支持到16EB（2的24次方TB）。按照微软各系统的NTFS默认簇大小来看，在64KB簇时，单卷的最大容量为256TB。详细见下图为微软官方网站的数据；
FAT32文件系统包括引导区、文件分配表区、数据区三大块。最多只能有四个"主分区"。在win系统比FAT16稍快，在DOS下比FAT16更慢。在文件分配表出问题时，只能通过手动执行Scandisk命令或其他类似工具，去检查错误并将系统备份的FAT文件分配表去覆盖出问题的文件分配表。
而NTFS中的所有文件是以key-value的形式存储和组织的，支持快速查找和定位文件，提高了操作系统对文件数据的处理效率。同时，NTFS文件系统是日志型文件系统。所有对磁盘的修改都会被记录在事件中。如果发生磁盘文件和内存文件不匹配，电脑NTFS会自动将磁盘文件标记为损坏，并将内存文件写入到磁盘新的位置，这就实现了NTFS的自动修复功能。大大提高了文件系统可用性。
4、安全性FAT32在安全性方面比较差，没有特别的安全功能。只是在做磁盘或文件共享时，可以给不同用户指定不同的权限。
NTFS文件系统在安全性方面做了很大加强。首先，它不仅在共享的时候可以指定用户权限，还在本地访问时，也能够对磁盘、文件夹、文件等对象独立设置用户的访问权限。其次，支持对磁盘进行配额管理。最后，NTFS还支持文件系统(EFS)加密和空间压缩技术。
总结NTFS毕竟是比FAT32更新的文件系统，无论是容量支持、可用性、安全性都比FAT32好很多。所以，电脑一般情况下都是采用NTFS，U盘则为了兼容性更好，一般采用FAT32。
